Les uns et les autres paieront un lourd tribut aux persécutions : Pierre Wu Guosheng, Joseph Zhang Dapeng, Pierre Liu et Joachim Hao ainsi que les Pères Augustin Zhao, Joseph Yuan, Paul Liu Hanzuo, et Thadée Liu seront exécutés entre 1814 et 1840.

En 1775, la Compagnie de Jésus et supprimée. Les lazaristes remplacent les jésuites dans leurs différentes missions de Chine et à la Cour de Pékin. Deux d'entre eux subiront le martyre à Wuchang, dans le Hubei : Francois-Régis Clet en 1820 et Gabriel Perboyre en 1840. Auparavant un autre Européen, le franciscain P. Lantrua de Triora, a été exécuté au Hunan en 1816.

À partir de 1842 la signature des traités inégaux, qui conclut la guerre de l'opium, ouvre aux occidentaux l'accès à cinq ports chinois et accorde une protection diplomatique aux étrangers, donc aux missionnaires. Mais elle change aussi la situation des Chrétiens. Le négociateur français du traité de Wampoa, Théodore Lagrenée, obtient un édit de tolérance envers les chrétiens qui ne sera ni publié, ni réellement appliqué, mais qui justifiera l'ingérence de la France dans les affaires religieuses chinoises.

En 1840, Rome a confié aux Missions Etrangères l'île de Hainan ainsi que les provinces méridionales du Guangdong et du Guangxi qui servent d'accès au Sichuan, au Guizhou et au Yunnan où Jean-Baptiste Vachal est dénoncé et arrêté en 1851. Il meurt en prison, après trois mois de tortures et de mauvais traitement, le 11 avril. Trois ans plus tard, un nouveau missionnaire, Auguste Chapdelaine, arrive dans la région. Interpellé une première fois puis relâché, il est de nouveau arrêté et condamné à mort avec quatre chrétiens chinois du Guangxi. Il mourra enfermé dans une cage de fer suspendue au portail du prétoire de Yaoshan, le 26 février 1856.

Le préfet apostolique du Guangxi, Mgr Guillemin, décide d'intervenir sur le plan politique afin de mieux protéger sa mission et dénonce le meurtre de son confrère comme une violation du traité de Wampoa. Le gouvernement de Napoléon III profite de ce prétexte pour s'allier aux Anglais qui déclenchent la deuxième guerre de l'opium. En 1858, le traité de Tianjin condamne la Chine à verser une indemnité de 12 millions de taëls et exige la dégradation du magistrat responsable de l'exécution. L'affaire Chapdelaine s'inscrit dans l'histoire chinoise comme un exemple de l'implication des missions dans les intérêts politiques et commerciaux des pays occidentaux, au détriment de sa dimension religieuse.